分子动力学模拟

适用场景 · Scenes

• 评估蛋白-配体复合物的结合稳定性（RMSD、口袋滞留）
• 用 MM-GBSA / MM-PBSA 预测结合自由能、分解关键残基贡献
• 研究变构位点、构象动力学或折叠路径

使用步骤 · Steps

1. 01阅读流程总览、物理与算法，了解整套方案
2. 02准备输入：蛋白 PDB 与配体参数，核对运行环境要求
3. 03在模拟脚本章节查看并取用脚本，在自己的 GPU 机器上运行
4. 04对照「能出哪些图」做 RMSD、RMSF、PCA、自由能景观等分析；需要代跑可走远程协助服务